■ケース1

確認申請を出さずに工事をした建物について、県からの視察が入り、工事を停止するように言われた場合。

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このまま無視して施工を続けると、建築基準法第9条第1項の違反により、命令に違反したものは、同法第98条第1項の規定により、3年以下の懲役又は3000万円以下の罰金に処される恐れがあります。

対象者は、「命令に違反したもの」なので、施主及び施工者に施工の停止命令が出ていれば、対象は施主及び施工者となります。

（参考）建築基準法第9条第1項

特定行政庁は、（略）建築基準法令の規定又は同法の規定に基づく許可条件に違反した建築物については、建築主、請負人若しくは現場管理者、敷地所有者に対し、施工停止又は猶予期限を付けて除却・移転・改築・使用禁止・その他違反是正のために必要な措置を命ずることが出来る。

■ケース2

確認申請の提出が必要にも関わらず、提出しなかった場合。（第6条第1項の規定に違反）

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建築基準法第99条1号の規定により、違反した者は、1年以下の懲役若しくは100万円以下の罰金に処される恐れがあります。

違反した者とは、確認申請の提出者であり、建築主（施主）のことです。（設計事務所は委任者です）

確認申請が必要な建物について（法6条第1項）

・1号から3号までの建築物の建築などを行う場合

・4号建築物を建築する場合

「建築主」は着手する前に確認済証の交付を受ける事

建築とは →　建築物を新築し、増築し、改築し、又は移転することを言う

４号建築物→木造住宅や、木造以外の場合、平屋で２００m²未満の建築物

■その他

ケース１の場合もケース２の場合もすぐには罰則を受けないです。

まずは、特定行政庁（確認を行っている行政）がその事実を把握し、その違反を是正するために必要な措置をとることを命じます。

その命令に従い、是正に向けて進んでいる場合は、罰則を受けることはほぼ無いと思います。

ちなみに、水道のメーターを新たに設置する場合、確認済書が必要です。この際に無許可建築物が発覚することがあります。あとは、近隣住民からの通報とか。